SMP Negeri 1 Manyaran berdiri pada tahun 1983 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 0472/O/1983 tertanggal 1 Juli 1983 tentang Pembukaan, Penunggalan dan Penegerian SMP dan diresmikan oleh Drs. Sukamto, selaku Kepala Kantor Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Wonogiri.
Sekolah yang beralamat di Jalan Kelir-Manyaran, tepatnya di Lingkungan Jenggotan RT 03/ RW 03 Kelurahan Pagutan, Kecamatan Manyaran, Kabupaten Wonogiri ini berdiri di atas lahan seluas kurang lebih 2 hektar. Pada saat berdiri, SMP Negeri 1 Manyaran memiliki 1 unit ruang guru dan ruang tata usaha termasuk ruang kepala sekolah, 1 unit ruang perpustakaan, 1 unit ruang laboratorium Ilmu Pengetahuan Alam, dan 2 unit ruang kelas yang digunakan untuk enam kelas.
SMP Negeri 1 Manyaran mulai menerima siswa baru pada tahun pelajaran 1983/1984 dengan jumlah siswa sebanyak 144 siswa yang terbagi menjadi 3 kelas dan masing-masing kelas terdiri dari 48 siswa. Sementara itu, ujian pertama dan Etanas dilaksanakan pada tahun pelajaran 1985/1986. Hasil yang diperoleh dari ujian pertama ini sangat membanggakan, dimana SMP Negeri 1 Manyaran menduduki peringkat ke 2 sekabupaten Wonogiri.
Pada tahun 2005, sekolah yang berlokasi 32 km arah barat daya dari kota Wonogiri ini menyandang status baru sebagai Sekolah Standar Nasional (SSN) berdasarkan Surat Keputusan Direktur Pendidikan Lanjutan Pertama Direktorat Jenderal Pendidikan Dasar dan Menengah Departemen Pendidikan Nasional Nomor: 960/C3/Kp/2005 Tentang Penetapan Sekolah Menengah Pertama Standar Nasional Tahun Anggaran 2005. Pada tahun 2019, SMP N 1 Manyaran berhasil meraih penghargaan sebagai Sekolah Adiwiyata Nasional berdasarkan Surat Keputusan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia Nomor 1037/MENLHK/P2SDM/SDM.2/12/2019.
Sejak berdiri, SMP N 1 Manyaran telah dipimpin oleh sembilan kepala sekolah, sebagai berikut:
- Suwarno (1983 – 1986)
- S. Sajekto, BA (1986 – 1989)
- Sadijo (1989 – 1992)
- Nur Setyo Hartono, BA (1992-
- Drs. S.A. Priyono ( -2005)
- Drs. Suwarto (2005-2007)
- Dra. Umi Wardani (2007-2012)
- Drs. Joko Purwanto, M.Pd (2012-2019)
- Drs. Warno, M.Pd (2019-2022)
- Agus Sumarno, S.Pd., M.Pd. (2022-sekarang)